नीलकंठ महादेव या नीलकंठेश्वर महादेव मंदिर एक हिन्दू मंदिर है जो कि भारत के उत्तर प्रदेश के वाराणसी में स्थित है। यह मंदिर पूर्णतयः भगवान शिव को समर्पित है। ऐसा कहा जाता है कि नीलकंठेश्वर मंदिर में स्थापित शिव लिंग कांजर पर्वत से लाया गया था। ऐसा माना जाता है कि जो भक्त इस शिवलिंग की पूजा करते है तो उत्तराखंड में स्थित नीलकंठ महादेव मंदिर के शिवलिंग के बराबर पूजा माना जाता है। इस मंदिर में शिवलिंग लगभग 25 फीट जमीन के नीचे है जहां पर सीढ़ियों द्वारा जा सकता है।
नीलकंठ महादेव मंदिर सीके-33/23 नीलकंठ मोहल्ला में स्थित है। इस स्थान का नाम भी इस मंदिर के नाम पर ही रखा गया है। इस मंदिर का उल्लेख काशी खंड के अध्याय 69 में भी किया गया है। इस अध्याय में, काशी में स्थापित शिवलिंगों के बारे में वर्णन किया गया है। जिन्हें नंदी द्वारा स्थापित किया गया था। यह अध्याय बहुत महत्त्वपूर्ण है। इस लिंग को सभी धार्मिक उत्साह के साथ पूजा जाता है।
यह मंदिर गंगा के बहुत पास में है। वाराणसी में स्थापित कार्णिका घाटा के विपरीत दिशा में ब्राह्मणल चैराहा के पास स्थित है।
मंदिर में शिवरात्रि का त्योहार बहुत ही उत्साह से मनाया जाता है। मंदिर का जीर्णोद्धार का कार्य श्री नरेन्द्र मोदी द्वारा किया जा रहा है। नीलकंठ महादेव मंदिर जीर्णोद्धार अशुभ आरंभ का कार्य 8 मार्च 2019 को श्री नरेन्द्र मोदी द्वारा किया गया था। इस मंदिर का नाम काशी विश्वनाथ काॅरिडोर परियोजना की सूची में है।